Már 1988-ban felvetődött egy új templom építésének gondolata vagy a régi imaház kibővítése és teljes felújítása, mivel a hívek száma fokozatosan növekedett, amely Császár Levente lelkipásztor áldozatos gyülekezetépítő munkájának volt köszönhető. Ugyaneb-ben az évben választották meg a gyülekezet új gondnokát, Pataki Gézát, aki a templom-építés alatt az adományok összegyűjtésének és a munkálatok koordinálásának oroszlán-részét végezte.
1990-ben a Siófoki Városi Tanács – ifj. Somogyi Gyulával az élén – az imaház mellett lévő telekből 10 méter szélességű és 36 méter hosszúságú földterületet utalt ki az egy-háznak térítés nélkül.
Megkezdődött a gyülekezeti adományok gyűjtése, melynek végösszege 5,5 millió forint lett. Emellett Siófok Város Önkormányzatától 5 millió forintot, Nagy Lajos vállalkozótól, a Balatonkiliti Lelkipásztor dr. Nagy István fiától közel 3,5 millió, a Református Világ-szövetségtől közel 2 millió, a Dunántúli Református Egyházkerülettől több mint 1 millió, külföldi református egyházaktól több mint 1 millió, a SIÓBAU Tervezőirodától 1 millió forintot kaptunk.
1990-ben megalakult egy  háromtagú építési bizottság, melynek elnöke Pataki Géza gondnok,  a szakmai dolgok szervezője Pozsár Gyula mérnök-presbiter, az adminisztráció vezetője Dusza Pál közgazdász-presbiter volt. 1990 júniusában létrejött a Templomépítési Alapítvány.
A templomterveket a SIÓBAU Tervezőiroda munkatársai Ripszám János és Pápay György, valamint egy statikus tervező, Madarász András készítette.
- 1992. szeptember 10-én zárt kerítést került az építési telek köré
- Szeptember 16-án a templom alapjának a kitűzésére került sor
- Október 6-án elkészült az alapbetonozás
- Október 9-én dr. Márkus Mihály, a Dunántúli Református Egyházkerület püspöke által megtörtént az ünnepélyes alapkőletétel
- Október 10-én kezdődött el az altemplom építése
- 1993 tavaszán építették az altemplom teherhordó falait, majd a nyár elejére elkészült a templomhajó falazat, a torony falszerkezete és a templom karzata
- Szeptember 6-ig a torony tetőszerkezete és fedése fejeződött be
- Szeptember 10-én történt meg a torony beemelése egy dunaújvárosi óriásdaruval
- Az ősz közepéig a tetőfedés közben végezték a templom külső és belső vakolását
- 1994 elejére készült el a templomhajó tetőszerkezete és fedése, majd a vízszerelési munkálatok
- Tavasszal elkészült a templomtér carrarai márvány burkolata, a márvány úrasztala, a márvánnyal borított szószék, és a további díszítési munkálatok valamint villanyszerelés
- Április 13-án lettek megrendelve a hajópadlók és a padok Székelyudvarhelyről, melyeket a nyár végére építettek be
- Aaugusztus 30-án a faszerkezetek és a padok mázolása is befejeződött, így tulajdonképpen elkészült a Siófoki Református Templom.